จุดเริ่มต้น

              กระทรวงสาธารณสุขได้เสนอขอปรับปรุงและจัดส่วนราชการใหม่ไปยังคณะรัฐมนตรี คณะรัฐมนตรีได้นำเสนอสภานิติบัญญัติตราเป็นพระราชบัญญัติแก้ไขเพิ่มเติมประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ ๒๑๖ ลงวันที่ ๒๙ กันยายน ๒๕๑๕ (ฉบับที่ ๓)  พ.ศ. ๒๕๑๗ ให้แบ่งส่วนราชการกรมการแพทย์และอนามัยเป็น ๒ กรม เมื่อวันที่ ๑๘ กันยายน ๒๕๑๗ คือ กรมการแพทย์ และกรมอนามัย ซึ่งกรมการแพทย์ได้แบ่งส่วนราชการกรมการแพทย์ เมื่อวันที่ ๑๐ ธันวาคม ๒๕๑๗ ได้ดำเนินการแยก แผนกการเงิน แผนกการบัญชี และแผนกพัสดุ โดยยกฐานะขึ้นเป็นกองคลัง จึงถือว่าเป็นจุดเริ่มต้นของกองคลังตั้งแต่นั้นมาจวบจนกระทั่งปัจจุบัน